化肥的施用方法应根据肥料种类和作物类型而定。 农作物能及时吸收利用所需养分需要深施，减少肥分损失的追肥方法，开沟条施和穴施是最常用的方法，在根系密集的附近将肥料深施。这种方法，对移动性较小的磷肥更具有重要意义。对于氮肥来说，在土地表面施氮肥的时候最容易挥发损失，在石灰性土壤上尤为严重。宜采用深施，施后及时彼土，以减少肥分挥失。

小麦、玉米的肥料经济效益，水浇地比旱地高0.82一1.70倍。 撒施密植作物的迫肥，如小麦的春季追肥，难以做到深施。可以采用撒施的方法。施肥时结合灌水，以促使肥料渗入扫朴，减少肥分损失。灌水量不宜过大，以防养分淋失。灌水施肥将肥料溶于灌溉水中，随灌溉水施入上壤。

长期单纯使用化肥，会造成土壤肥力下降，作物产量和质量下降，破坏生态平衡，造成环境污染。化肥和农家肥配合使用，可以改善作物营养，提高土壤肥力，降低施肥成本，提高施肥成效，提高作物产量和质量，减少环境污染。两者取长补短，缓急相济，一般认为化肥和农家肥比例在7:3到3:7范围内效果较好。

作物种类不同，需要各种养分的数量和比例也不同。如禾谷类作物，需要较多的氮肥，也需要适当的磷、钾肥；豆科植物其根部有根瘤菌，可固定空气中的氮素，一般不需大量施用氮肥，但需较多的磷、钾肥。。在作物生长过程中，常有一个时期对某种养分的需求最迫切，吸收养分的能力最强，此时要及时提供充足养分。